اداره حج و اوقاف هرات مساجد و مدارس دینی و همچنین اطلاعات بیومتریک علما و ملا‌امامان را ثبت می‌کند. مسئولان این اداره می‌گویند هدف از این ثبت آنها جلوگیری از نفوذ کشورهای منطقه در مراکز دینی است.
جوانان و نوجوان مشغول آموزش دینی در یکی از مدارس دینی در هرات هستند. نگرانی‌ها از انتشار گرایش‌های تندروانه از طریق برخی مساجد و مدارس در هرات رو به افزایش است. محمدناصر حق‌اندیش ۲۲ ساله در دارالعلومی در هرات مشغول آموزش دینی است.
او حکومت افغانستان را در اجرای احکام دینی به کوتاهی متهم می‌کند و طرفدار اجرای سخت‌گیرانه حدود شرعی و رعایت حجاب است.
او گفت: "از دید من، حکومت تقریباً ۳۰ فیصد احکام الهی را تنفیذ می‌کند. قانون خوبی که الله بیان کرده، همین قصاص است. همین قصاص باید ۱۰۰ فیصد تطبیق شود. اگر قصاص نباشد، قتل و قتال رو به افزایش و گسترش است.
جامعه افغانستان به‌شدت مذهبی است. علمای دین نفوذ و قدرت بسیج گسترده‌ای دارند. مولانا نوراحمد احمدی، رئیس مدرسه فاروقیه هرات، از تأثیر منفی عدم ثبت مساجد و مدارس دینی بر افزایش خشونت و تفرقه در میان مردم هشدار می‌دهد. به باور او، حکومت در کنترل مساجد ناتوان بوده است.
او افزود: "خود دولت کنترل و حیثیت خود را از دست داده. اگر هر امامی در هر محیطی تعیین می‌شود، باید از اداره حج و اوقاف تعیین شود. اگر مساجد و مدارس ثبت شده نباشد و تحت اداره در نیاید، تحت اداره یک دولت اسلامی داخل نشود، دشمنان اسلام از هرگوشه دست دراز می‌کنند و قصد دارند که بین مردم تفرقه ایجاد کنند و نفاق ایجاد کنند و تشتت و پراکندگی می‌آید و خود به خود حکومت می‌پاشد."
به گفته مسئولان اداره ارشاد، حج و اوقاف هرات، افراد ناشناس در تلاش ناامنی و همکاری با کشورهای همسایه از طریق مراکز مذهبی هستند.
عبدالخالق حقانی، رئیس حج و اوقاف هرات می‌گوید که اطلاعات بیومتریک حدود ۵۰۰ ملا امام و عالم دینی در هرات ثبت شده است. به گفته او، این کار به کاهش تهدیدات امنیتی کمک می‌کند.
او می‌افزاید: "روند سوء استفاده از مساجد از لحاظ تاریخ افغانستان به مشاهده رسیده. فعلاً ما ۶۵۰۰ مسجد را ثبت داریم و این روند ادامه دارد. ما کوشش می‌کنیم که هویت علمایی که در مساجد امامت می‌کنند، تثبت شده باشد تا این‌که خطری از این ناحیه جامعه ما را تهدید نکند."
عدم ثبت مدارس دینی و مساجد باعث شده است که حکومت افغانستان نظارتی بر محتوای درس‌های مدارس نداشته باشد. برخی از آگاهان سیاسی مانند قادر کامل، ترویج دیدگاه‌های تندروانه در این مراکز نگران‌کننده می‌دانند.
او افزود: "اگر برنامه ثبت مساجد متوقف شود، این نگرانی وجود دارد که بعضی از مساجد، دارالحفاظ‌ها، پناه‌گاه امنی برای شبکه‌های تروریستی تبدیل شود. متأسفانه، آنها می‌توانند که بر برخی از جوانان و طالب‌العلم‌ها سرمایه‌گذاری کنند و به‌خاطر تقویت صفوف خود از میان آنها سربازگیری کنند. این می‌تواند که بسیار نگرانی‌ها را به همراه داشته باشد."
در افغانستان علاقمندی برای فراگیری آموزش‌های دینی زیاد است.
در برخی مواقع به دلیل نبود مراکز آموزشی علوم دینی، شهروندان افغان به کشورهای منطقه مخصوصاً پاکستان برای آموزش علوم دینی می‌روند. بارها دیده شده شورشیانی که در میدان‌های جنگ افغانستان دستگیر شده‌اند، در خارج کشور آموزش دینی دیده‌اند.
حالا تاکید علمای میانه‌رو در هرات این است که حکومت افزون بر گسترش فعالیت نظارتی خود از مدارس دینی، زمینه جذب علاقمندان دروس دینی را افزایش دهد، تا جلو سربازگیری کشورهای بیرونی از شهروندان افغان کاهش پیدا کند.
