مسوولان محلی ولایت بدخشان فعالیت قاچاقبران مواد مخدر در هشت ولسوالی این ولایت را دلیل افزایش تهدیدهای امنیتی در این ولایت می‌دانند.
بر اساس یافته‌های وزارت امور داخله افغانستان، حدود هشت فیصد مواد مخدر تولید شده در افغانستان از طریق سرحدات شمالی این کشور به خارج قاچاق می‌شود، مسیر بدخشان یکی از راه‌های مورد تمرکز گروه‌های مافیایی جهت قاچاق مواد مخدر می‌باشد.
تنها در سال جاری شمسی نیروهای افغان ۱۰۱ مورد عملیات را در مناطق سرحدی بدخشان، در امتداد یک هزار و ۲۰۰ کیلومتر سرحد مشترک با چین، تاجیکستان و پاکستان اجرا کرده‌اند.
نثار جهانگیر، مدیر مبارزه با مواد مخدر قوماندانی امنیه بدخشان به رادیو آزادی گفت، بیشتر مناطقی که قاچاقبران از آن طریق رفت و آمد می‌کنند، در آن مخالفان مسلح دولت نفوذ دارند.
جهانگیر می‌گوید: "ولسوالی‌های همانند ولسوالی خواهان و کوف‌آب که بخش زیاد آن تحت کنترول مخالفان مسلح دولت قرار دارد، آنان از حامیان بزرگ قاچاقبران مواد مخدر به شمار می‌روند. مخالفان مسلح دولت بگونه مشترک با قاچاقبران فعالیت می‌کنند و اکثریت مواد مخدر از طریق مناطقی که تحت کنترول مخالفین دولت قرار دارد، به کشورهای خارجی قاچاق می‌شود."
در نتیجه عملیات نیروهای افغان در هشت ولسوالی سرحدی بدخشان در سال جاری شمسی، ۴۵۳ کیلوگرام تریاک، ۷۳ کیلوگرام هیرویین، ۱۵۵ کیلوگرام چرس همراه ضبط و ۱۷ تن به اتهام قاچاق آن دستگیر شده‌اند.
در اوایل سال ۱۳۹۹ یک قوماندان نیروهای سرحدی تاجیکستان در درگیری با قاچاقبران در نزدیک سرحد با افغانستان کشته شد و پس از آن ایالات متحده امریکا در کنار اجرای برنامه‌های آموزشی به پولیس تاجکستان، با آنان در تحکیم پوسته‌های سرحدی‌شان برای مبارزه با قاچاقبران نیز کمک و همکاری می‌کند.
اعضای شورای ولایتی بدخشان می‌گویند، فعالیت قاچاقبران مواد مخدر تهدیدهای جدی امنیتی را در بدخشان به وجود آورده است، زیرا قاچاقبران مواد مخدر در همکاری نزدیک با مخالفان مسلح دولت فعالیت می‌کنند.
بشیر صمیم رئیس شورای ولایتی بدخشان در گفتگو با رادیو آزادی، خواهان اجرای عملیات تصفیه‌یی در مناطق سرحدی از وجود مخالفان مسلح دولت شد، زیرا به گفته آقای صمیم، حضور آنان زمینه برای فعالیت قاچاقبران را فراهم کرده است.
صمیم گفت: "مرز میان ولایت بدخشان افغانستان و کشور تاجیکستان یک مرز خیلی پیچیده و صعب‌العبور است که دسترسی ارگان‌های امنیتی، به ویژه پولیس سرحدی به آنجا دشوار است، از همین‌رو این مناطق مسیر خوب قاچاق و فعالیت‌های غیر قانونی است.
در این مناطق هم تروریست‌های خارجی حضور دارند و هم طالبان و در همکاری با همدیگر دست به این نوع فعالیت‌ها می‌زنند."
بدخشان از جمله ۲۲ ولایت افغانستان است که به اساس سروی اداره احصاییه و معلومات، در سال ۱۳۹۹ در ۶،۳۹۴ هکتار زمین آن کوکنار کشت شده بود، اما دولت افغانستان توانست تنها ۴۰۹ هکتار آن را تخریب کند.
