شماری از احزاب سیاسی و نهادهای ناظر انتخاباتی می‌گویند اختلاف‌ها میان اعضای کمیسیون مستقل انتخابات، روند برگزاری انتخابات را بحرانی کرده است.
آنان نگران هستند که برخوردهای سلیقه‌ای این کمیسیون راه را برای چالش‌ها هموار کرده است.
به گفتۀ آنان اگر این وضعیت ادامه یابد، نه تنها اعتماد مردم به این کمیسیون از میان می‌رود، بل‌که بر میزان مشارکت رأی‌دهندگان در انتخابات هم اثر خواهد گذاشت.
این نگرانی‌ها پس از آن مطرح شده اند که محمد عبدالله، عضو این کمیسیون روز سه‌شنبه از غیر واقعی بودن مراکز بسته در فهرست مراکز رای دهی و استخدام کارمندان این کمیسیون انتقاد کرد.
بیشتر در این باره: یک عضو کمیسیون انتخابات: لیست بدست آمده در مورد مراکز رأی‌دهی واقعی نیستاما رئیس دارالانشای کمیسیون مستقل انتخابات می‌گوید کارهای کمیسیون بر اساس قانون اجرا می‌شود.
آشکار شدن اختلاف‌ها میان اعضای کمیسیون مستقل انتخابات، به نگرانی‌ها میان احزاب سیاسی و ناظران انتخابات دامن زده است.
اظهارات روز سه شنبه مولانا محمد عبدالله، عضو این کمیسیون این اختلاف‌ها را بیشتر آشکار کرد.
آقای عبدالله روز سه‌شنبه در یک نشست کمیسیون مستقل انتخابات گفت که گزینش‌ها در کمیسیون مستقل انتخابات به گونه غیرقانونی صورت می‌گیرد.
او مدعی است که دستگاه‌های بایومتریک مشکل دارند و شمار بسته بودن مرکزهای رای‌دهی در برخی از ولایت‌ها غیر واقعی‌اند؛ اما حبیب‌الرحمن ننگ، رئیس دارالانشای این کمیسیون این اتهام‌ها را بی‌پایه می‌خواند.
اکنون شماری از احزاب سیاسی می‌گویند که اختلاف‌ها میان مقام‌های کمیسیون در اظهارات آنان واضح است و آنان به چند دسته تقسیم شده اند.
نورالرحمٰن اخلاقی، عضو حزب جمعیت اسلامی به رادیو آزادی می‌گوید که تصمیم‌های این کمیسیون در خود کمیسیون نیز عملی نمی‌شوند و هر بخش آن عمل‌کردهای خودسرانه دارند.
"اگر یک فیصله کمیسیون از سوی دارلانشا عملی نشود، یک رشته عمیق پیدا می‌کند تا این‌که به مرکزهای رأی‌دهی می‌رسد تا همان رشته در روز انتخاباتی به عنوان یک مشکل جدی بروز بکند."
حزب اسلامی نیز با نگرانی از مدیریت کمیسیون مستقل انتخابات می‌گوید این کمیسیون تا اکنون نتوانسته استقلالش را نگهدارد.
فضل غنی حقمل، عضو دفتر رسانه‌های این حزب می‌گوید کمیسیون مستقل انتخابات به گونۀ کامل زیر تاثیر حکومت قرار دارد.
"آنان نمی‌توانند این پروسه را به‌گونه درست مدیریت کنند. مشکل بزرگ این است که کمیسیون نتوانسته استقلالش را نگهدارد. کمیسیون مستقل نیست و زیرتاثیر حکومت کار می‌کند و گاه‌گاهی فیصله‌ها از سوی جامعۀ جهانی نیز ویتو می‌شود."
از سوی دیگر، شماری از نهادهای ناظر نیز با ابراز نگرانی در این مورد، می‌گویند وجود اختلاف‌ها در کمیسیون به‌جای مدیریت انتخابات، این روند را بحرانی کرده است.
یوسف رشید رئیس اجرایی بنیاد انتخابات آزاد و عادلانه افغانستان یا فیفا با اشاره به این اختلاف‌ها در کمیسیون می‌گوید برخوردهای سلیقه‌ای میان اعضای این کمیسیون، کمبود ظرفیت و خواست‌های غیرقانونی سبب شده تا میان اعضای کمیسیون جنجال پدید آید.
یوسف رشید رئیس اجرایی بنیاد انتخابات آزاد و عادلانه افغانستان
"این جنجال‌ها به گونۀ مستقیم بر بخش عملیاتی انتخابات تاثیر دارد. هرگاه پروسه با جنجال روبه‌رو شود، آنگاه اعضای کمیسیون به‌جای حل مشکل مشغول جنجال‌های درونی خودشان باشند و این رفتار غیر مسلکی با یک پروسۀ ملی است."
پیش از این حکومت همواره بر مستقل بودن کمیسیون مستقل انتخابات تأکید کرده است.
پس از برگزاری انتخابات ولسی جرگه حکومت وحدت ملی اعضای پیشین کمیسیون مستقل انتخابات را به علت آنچه ضعف مدیریت، استفاده از صلاحیت‌ها و فساد خوانده شد، برکنار کرد.
پس از آوردن اصلاحات در قانون انتخابات، برای برگزاری انتخابات ریاست جمهوری ۲۰۱۹ میلادی در این کشور؛ اعضای جدید کمیسیون بر اساس آرای احزاب و نامزدان ریاست جمهوری برگزیده شدند.