در کنار بسته ماندن دروازه‌های مکتب‌ها به روی دختران بالاتر از صنف شش مشکلات اقتصادی در افغانستان سبب شده که شماری از مکتب‌های خصوصی نیز به دلیل مشکل مالی با خطر بسته شدن روبرو شوند.
ساره از جمله ده‌ها دانش آموزی است که به دلیل مشکلات اقتصادی مکتب خصوصی را رها کرده و برای ادامه درس‌هایش به مکتب دولتی رفته است: "ساره استم متعلم صنف پنجم، بخاطری که پدر جانم فیس ماهانه ما را داده نمی‌توانست، ما از مکتب خصوصی آمدیم به مکتب دولتی."
ساره می‌گوید، در کنار نگرانی از کیفیت پایین درس در شماری از مکتب‌های دولتی، نگران آن است که در صورت ادامه محدودیت بر آموزش دختران از سوی حکومت طالبان، با ارتقا به صنف‌های بالاتر از ادامۀ آموزش‌هایش بازماند.
با بازگشت طالبان به افغانستان بربنیاد گزارش‌های سازمان ملل متحد این کشور با بحران اقتصادی و بشری شدید روبرو شد. این بحران‌ها روی تمامی موارد در بازار تاثیر داشته اند.
والدین شماری از دانش آموزان در صحبت با رادیو آزادی می‌گویند افزایش محدودیت‌ها بر کار زنان در اداره‌های دولتی و غیردولتی، بیکار شدن مردان خانواده، کاهش درآمدهای کارهای آزاد از علت‌های اصلی اند که سبب شده تا فرزندان‌شان را از مکتب‌های خصوصی به مکتب‌های دولتی ببرند.
بانوی که مادر چهار فرزند است، دو فرزندش پیش از این به مکتب‌های خصوصی می‌رفتند.
او که خواست نامش در گزارش گرفته نشود گفت پیش از حاکمیت دوبارۀ طالبان شوهرش کارمندان یکی از نهادهای غیردولتی بوده است. اکنون شوهرش مصروف کار دیگری است که درآمد آن خیلی کم است.
آرشیف- یک مکتب خصوصی در ولایت لوگر
این بانو می‌گوید که از یک‌سو توان پرداخت هزینه‌های مکتب خصوصی را ندارد و از سویی هم درس‌های مکتب‌های دولتی منظم نیستند_ادعایی که وزارت معارف حکومت طالبان آن را نمی‌پذیرد: "یک دختر و یک پسرم در مکتب خصوصی درس می‌خواندند، حال عاید ندارم و کار نیست که آنان را به مکتب خصوصی بفرستم و درس بخوانند، آنان را به مکتب دولتی سه پارچه کردیم. درسی که در مکتب خصوصی بود در مکتب دولتی نیست، کسی توجه نمی‌کند."
این وضعیت روی فعالیت مکتب‌های خصوصی هم تاثیر گذاشته است.
مسئول یک مکتب خصوصی که خواست نامش گرفته نشود به رادیو آزادی گفت که پس از تحولات هشت ماه پیشتر شمار زیاد دانش آموزان‌شان را از دست داده اند: "مصارف خیلی زیاد است، پوره کردن کرایه خانه و معاش استادان خیلی مشکل شده است. فیس شاگردان از صد درصد، به سی درصد کاهش یافته، یعنی فیس هفتاد درصد کاهش یافته و اکثریت شاگردان هم به مکاتب دولتی سه پارچه کرده اند."
او می‌گوید بیشتر مکتب‌های خصوصی در افغانستان در ساختمان‌های کرایی فعالیت دارند و این خود آنان را وا می‌دارد تا بر ادامۀ فعالیت‌های‌شان بازنگری کنند.
بر بنیاد معلومات وزارت معارف حکومت پیشین، تا پیش از حاکمیت دوباره طالبان، بیش از یک هزار و پنجصد مکتب خصوصی در افغانستان فعالیت داشتند.
مسئولین وزارت معارف با وجود تلاش زیاد دستیاب نشدند.
هر چند انتقادهایی هم از چگونگی کیفیت آموزشی در مکتب‌های خصوصی هم وجود داشته اند اما به باور سید مصطفی سعیدی استاد پوهنتون، نصاب درسی شماری از این مکتب‌های خصوصی در افغانستان برابر با معیارهای جهانی است.
او گفت: "مکاتب یا معارف خصوصی به عنوان یک بازوی محکم برای نظام معارف افغانستان بود، اما متاسفانه در هشت ماه گذشته شرایط طوری شد که نظام معارف و تحصیلات افغانستان هم دچار اُفت خطرناکی شد، هم شهروندان توان آن را ندارند که فرزندان‌شان را به مکتب خصوصی بفرستند و هم مکتب‌ها به لحاظ اقتصادی توان پیشبرد کار‌شان را ندارند."
به گفته شماری از مسئولان مکتب‌های خصوصی یکی از چالش‌های اساسی دیگر جداسازی صنف‌های دختران و پسران از سوی وزارت معارف طالبان است.
بر بنیاد این دستور مکتب‌های خصوصی ناگزیر اند هم مکان بیشتر در اختیار داشته باشند و هم آموزگاران بیشتر به ویژه زنان را برای دانش آموزان دختر به کار بگمارند. آن‌چه که به گفتۀ شماری از مسئولان مکتب‌های خصوصی در ورشکسته‌گی اقتصاد این سکتور نقش دارد.