تاجکستان تهران را متهم به حمایت از قتل‌های به سطح بلند به‌شمول کشتن رئیس اسبق پارلمان تاجکستان صفر علی خنجاییف در سال ۱۹۹۹، در جریان جنگ داخلی این کشور در دهه ۱۹۹۰ کرده‌است.
در یک فلم مستند ۴۵ دقیقه‌یی که در تلویزیون دولتی تاجکستان منتشر شد، وزارت داخله این کشور ادعا دارد که تهران علاقه‌مند شکل‌دهی جنگ داخلی در تاجکستان بود و از حزب تندرو رستاخیز اسلامی تاجکستان حمایت مالی میکرد و تندروان وابسته به همین گروه را، در خاک ایران آموزش میداد.
به‌گفته وزارت داخله تاجکستان حمایت مالی و رهنماییهای ایران در بخش انجام قتلها در تاجکستان، توسط خوجی حلیم نظر زاده معاون اسبق وزیر دفاع تاجکستان صورت میگرفت.
نظر زاده در سال ۲۰۱۵ در جریان یک عملیات ضد کودتا در نزدیکی شهر دوشنبه کشته شد.
شماری از شخصیتهای سرشناس تاجکستان به‌شمول محمد عاصم یک پروفیسر، یوسف اسحقی یک داکتر، سیف افریدی یک داستان نویس، کریم یولداشیف مشاور سیاسی رئیس جمهور، مفتی اعظم اسبق تاجکستان و ۲۰ مقام روسی بین سالهای ۱۹۹۷ و ۲۰۰۴ در تاجکستان کشته شدند.
در فلم مستندی که در تلویزیون دولتی تاجکستان منتشر شدهاست مردیکه خودش را یک جنگجوی اسبق حزب اپوزیسیون اسلامی معرفی میکند میگوید، در سال ۱۹۹۵ به ایران سفر کرده بود و در آنجا به دوصد تن دیگر آموزشهای سبوتاژ را در شهر قم فرا گرفته بود.
این مرد میگوید، در سال ۱۹۹۷ با دساتیر واضح در مورد کشتار شخصیتهای سیاسی و پر نفوذ در تاجکستان به کشورش برگشت.
اظهارات این فرد از سوی کدام منبع مستقل تائید نشدهاست.
فلمهای مستند در تلویزیونهای دولتی جمهوریهای اسبق اتحاد شوری سابق گاه گاه تبلیغات و اتهامات نادرست را علیه مخالفین حکومت منتشر میکنند.
ایران و روسیه در پروسه مذاکراتی میانجیگری کرده بودند که جنگ پنج ساله داخلی تاجکستان را در سال ۱۹۹۷ خاتمه داد.
این فلم مستند در حالی منتشر شدهاست که تنشها میان تاجکستان و ایران به سبب حمایت تهران از حزب تندرو رستاخیر اسلامی تاجکستان وجود دارد.
این حزب در پانزده سالی بعد از ختم جنگ داخلی تاجکستان در پارلمان آن کشور نماینده داشت، ولی فعالیت این گروه در سال ۲۰۱۵ از سوی ستره محکمه تاجکستان ممنوع شده و این حزب به‌حیث یک گروه تروریستی اعلان شد.
تنشها میان دو کشور در گذشته هم بعد از آن مشاهده میشد که مقامات تاجکستان، دیپلوماتان ایرانی را متهم به انجام فعالیتهای فراتر از مأموریت دیپلوماتیک‌شان کرده بودند.
فلم تازه مستند که از تلویزیون تاجکستان منتشر شدهاست، اولین اتهامات تاجکستان در محضر عام را در بر دارد که در آن دوشنبه مستقیماً ایران را متهم به دستور کشتار شخصیتهای پر نفوذ تاجک کرده‌است.
