بر بنیاد فهرست مراکز رأی‌دهی که از سوی وزارت امور داخله به کمیسیون مستقل انتخابات سپرده شده است، شمار مراکز رأی‌دهی که به روز انتخابات باز می‌باشند، کمتر از آن چه است که از سوی کمیسیون مستقل انتخابات در نخست پیشنهاد شده بود.
یکی از کمیشنران کمیسیون مستقل انتخابات افغانستان لیست وزارت امور داخله را در مورد مراکز رأی‌دهی قابل تأمین امنیت غیر واقعی می‌داند.
مولانا محمد عبدالله عضو این کمیسیون روز سه‌شنبه «۲۶ سنبله ۱۳۹۸» در نشست ملی کمیسیون انتخابات از ارگان‌های امنیتی خواست تا پس از ارزیابی شان یک لیست واقعی را در اختیار این کمیسیون قرار دهند.
او گفت: "همین ۴۳۱ مرکز را که آنها مسدود گزارش کرده‌اند، این مراکز در ولایاتی است که از دید من که در افغانستان زندگی می‌کنم واقعی نیست. در آن دروغی نهفته است؛ مثلاً در فراه یازده مرکز گزارش داده‌اند. حالا که شما می‌دانید در مرکز فراه همین حالا محکمه وجود ندارد. پرچمن در حالی که جنگ است، اما مراکز آن فعال گزارش داده شده. این دروغ است. باید تثبیت شود."
بربنیاد گفته های این کمیشنر کمیسیون مستقل انتخابات ارزگان، زابل، هلمند، نیمروز، پکتیا، پکتیکا، خوست، ننگرهار، لوگر و غزنی از جمله ولایت هایی هستند که در آن ها شمار مرکزهای مسدود به گونۀ واقعی در این فهرست جا داده نشده است.
پیش از این وزارت امور داخله گفته بود که امنیت ۴۹۴۲ مرکز انتخاباتی در سراسر افغانستان قابل تأمین است.
بربنیاد گفته‌های این وزارت نیروهای امنیتی در تناسب با تهدیدهای امنیتی در این مراکز موظف به تأمین امنیت خواهند شد.
در همین حال، مروه امینی، معاون سخنگوی وزارت امور داخله این ادعای کمیسیون مستقل انتخابات را رد می‌کند و می‌گوید که لیست ارائه شده غیر قابل تغییر است.
مروه امینی، معاون سخنگوی وزارت داخله افغانستان
او افزود: "هیچ یک از این مراکز خیالی نیست. اگر کمیسیون مستقل انتخابات از نگاه اداری مشکل دارد، موضوع جداگانه است. می‌توانند به این مساله بپردازند، اما از نگاه امنیتی ۴۹۴۲ مرکز هیچ مشکل امنیتی ندارد. این لیست قابل تغییر نیست. نیروهای امنیتی و دفاعی در ساحاتی که جنگ جریان دارد، مشغول عملیات هستند و پیشرفت‌های هم داشته‌اند. ما اطمینان می‌دهیم که تعداد مراکز رأی‌دهی از این کمتر نخواهد شد."
آقای عبدالله همچنین گفت؛ استخدام کارمندان کمیسیون و حتی مسئولان رده بالای دارالانشای این کمیسیون بر اساس تعلقات قومی و زبانی صورت گرفته. به گفته او، حالا هم کسانی در کمیسیون هستند که به صورت غیرقانونی استخدام شده‌اند.
آقای عبدالله هشدار می‌دهد که اگر به این موضوع توجه نشود، ممکن است انتخابات به بحران کشیده شود.
اما صدیق صدیقی سخنگوی رئیس جمهور افغانستان این ادعا را رد می‌کند.
صدیق صدیقی سخنگوی رئیس جمهور افغانستان
او می‌گوید: "در دارالانشاهای کمیسیون‌ها یا تمام استخدام‌ها از طرف خود کمیشنر صاحبان است. هر گاه کسی هم استخدام شده آنها پیشنهاد کرده و به مقام ریاست جمهوری آورده، از نگاه اداری و اصول کار همه مسئولیت به کمیسیون‌ها بر می‌گردد."
در عین حال سفارت بریتانیا در افغانستان نیز بر شفافیت انتخابات ۶ میزان و استقلال نهادهای انتخاباتی تاکید کرده و گفته است که بخاطر این هدف مشترک نهادهای دخیل باید همکاری کنند.
از سوی هم برخی نهادهای ناظر بر روند انتخابات می‌گویند به دلیل مسدود بودن شمار زیادی مراکز رأی‌دهی در روز انتخابات صدها هزار افغان از اشتراک در انتخابات محروم می‌شوند.
یوسف رشید رئیس اجرایی بنیاد انتخابات آزاد و عادلانه افغانستان یا "فیفا" می‌گوید نگرانی وجود دارد که این آمار بیشتر از این کاهش یابد.
آقای رشید دو روز قبل در صحبت با رادیو آزادی از کم شدن مراکز رأی‌دهی ابراز نگرانی کرد.
او گفت: " از ۷۳۰۰ به ۵۳۷۳ کاهش یافت و حالا این رقم به ۴۹۴۲ مرکز کم شده است و روشن نیست که تا روز انتخابات این رقم تا چه حد کاهش می‌یابد و به اساس همین محاسبه انتخابات سراسری با مشکل مواجه می‌شود."
او می‌گوید که بیشترِ مراکز رأی‌دهی مسدود شده در ولایت‌های شمال‌شرق، جنوب‌غرب و ولایت‌های جنوبی می‌باشند.