مسجد مخدوم با بیش از پنج قرن قدمت، مکانیست که مولانا نورالدین عبدالرحمان جامی از شاعران، نویسندگان و صوفی‌های مطرح در آنجا امامت کرده و آموزش داده است.
مسئولان فرهنگی هرات می‌گویند که این مسجد یکی از مکان‌های فراگیری آموزش‌های دینی در دوران تیموریان بوده است. اکنون اما مسجد به مرمت نیاز دارد.
مسجد مخدوم در شهر قدیم هرات، بیش از ۵۵۰ سال قبل نورالدین عبدالرحمان جامی، شاعر و عارف نامدار، امامت و تدریس می‌کرده. ساختمان این مسجد یک طبقه از خشت بنا شده و در یک زمان نزدیک به ۱۰۰ نمازگذار می‌توانند در این‌جا نماز بخوانند، اما در سمت جنوب مسجد، چله‌خانه جامی و چهار اتاق گنبدی دیده می‌شود، سقف اتاق‌ها را باران‌های موسومی ویران کرده.
مولوی عبدالحکیم حکیما، امام فعلی مسجد مخدوم می‌گوید که این مسجد به مرمت فوری نیاز دارد.
آقای حکیما می‌افزاید: "مسجد مخدوم یکی از مساجد تاریخی هرات محسوب می‌شود، بنام مسجد مخدوم هست و در سال گذشته به اثر بی‌توجهی حکومت و ضعف اقتصادی مردم، در این ساحه یک قسمتی مسجد تخریب شده و تلاش بکنند، که این قسمت از مسجد که مانده به اثر بارندگی‌های که در آینده پیش‌بینی می‌شود در فصل زمستان تخریب نشود."
مولانا جامی در منطقه‌ای موسوم به دولت‌خانه در شهر هرات سکونت داشته، اما بیشتر دوران کهن‌سالی‌اش را در مسجد مخدوم سپری کرده.
این مسجد در کنار آرامگاه مولانا عبدالرحمان جامی در شمال غربی هرات، دو بنای یادگار از مولانا در هرات است.
تاکنون هم کودکان در مسجد مخدوم در کنار آموزش‌های ابتدایی دینی، با زندگی‌نامه و اشعار مولانا عبدالرحمان جامی آشنا می‌شوند.
عبدالواحد، سالهاست که به عنوان مدرس علوم دینی در مسجد مخدوم کودکان را آموزش می‌دهد.
آقای عبدالواحد می‌گوید: "مدت ۱۷ سال می‌شود که من به عنوان شاگرد مولانا عبدالرحمان جامی به این جا حلقه‌های درس ما سلسله‌به‌سلسله ادامه داشته، حتی اشعار مولانا صاحب می‌خوانیم و بعضی از زندگانی‌های آنها از کتاب‌ها به بچه‌ها می‌خوانیم که بچه‌ها آشنایی زیادی با مولانا عبدالرحمان جامی پیدا کردند و از گوشه ای از حجره مولانا دیدن می‌کردند و همین حلقات درس ما ادامه خواهد داشت."
مولانا جامی در مدرسۀ نظامیۀ هرات، از مراکز علمی معتبر در قرن هشتم هجری شمسی مصروف آموزش علوم دینی، زبان و ادبیات، عرفان، اخلاق و فلسفه بود. مولانا جامی با وجودی که روابط نزدیک با دربار تیموریان داشت، اما به هیچ عنوان مدح‌شان را نگفت.
مولانا جامی پس از آشنایی با محمد کاشغری نقش‌بندی، مجذوب تصوف می‌شود و با فوت مریدش خلیفه طریقت نقش‌بندی شدد.
زلمی صفا، آمر حفظ آبده‌های فرهنگی هرات می‌گوید که علاقمندان این علوم از کشورهای گوناگون نزد جامی مراجعه می‌کردند.
آقای صفا گفت: "شاگردانی از اطراف و اکناف هرات و از بلاد غیرهراتی و حتی می‌توانیم ادعا کنیم که از مصر، سوریه، عراق و ایران، ترکمنستان، سمرقند و بخارا به جهت تدریس علوم می‌آمدند و بعد از فراغت مولانا صاحب از تدریس مدرسه، در مسجد مخدوم که یکی از تخلص‌های دیگر مولانا صاحب که مخدوم بوده، حلقات درسی و چله‌خانه‌هایی داشتند."
از مولانا جامی ده‌ها کتاب و رسالۀ نظم و نثر به زبان‌های فارسی-دری و عربی به یادگار مانده.
مسئولان فرهنگی هرات می‌گویند که تاکنون برنامه‌ای برای ثبت این مسجد در فهرست سازمان علمی فرهنگی جهان یا یونسکو وجود ندارد، چرا که به گفته‌ای آنان بناهای مشهور مانند مجموعۀ مصلی، گازرگاه، مسجد جامع بزرگ هرات و قلعۀ اختیارالدین در اولویت ثبت این سازمان قرار دارد.
